在司法实践中，法院通常采取“否定式并用方法”，而非“肯定式叠加适用”。即法院首先审查行政协议是否存在“重大且明显违法”情形，如果存在，则直接确认无效；如果不存在，再继续审查是否违反民事法律规范的无效标准。这种审查顺序体现了“行政诉讼法优先、民法补充”的适用原则。

在吴晴诉太和县城关镇人民政府行政协议案中，安徽省高级人民法院采用了这一审查方法，先审查是否存在重大且明显违法情形，再审查是否存在受胁迫签订协议等民事无效事由。这种分步审查法既尊重了行政协议的特殊性，又兼顾了其合同属性。

需要特别注意的是，民事法律规范在行政协议案件中的适用是有限度的。对于那些纯粹体现行政权行使的条款，应当主要依据行政法律规范判断其效力；而对于那些更体现合意性的条款，则可以更多参考民事法律规范。《行政协议规定》确立的“可以适用”而非“应当适用”民事法律规范的表述，也为法院留下了充分的自由裁量空间。

      主体资格是行政协议有效的前提条件。行政机关订立行政协议必须具有相应的行政主体资格和法定权限。主体瑕疵主要包括两种情形：一是行政主体资格完全缺失，即签订协议的机构根本不具备行政主体资格；二是超越法定职权，即行政机关虽具备行政主体资格，但超越了法定权限范围。

在第一种情形下，如果协议签订主体完全不具有行政主体资格，则该行政协议无效。例如，在（2017）湘0621行初62号梁某某诉岳阳县长湖乡人民政府土地房屋征收补偿协议违法案中，法院明确指出：“根据《中华人民共和国土地管理法》第四十六条之规定，国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。被告长湖乡政府不具有签订房屋土地征收协议补偿的主体资格，故长湖乡政府无权以自身名义征收原告梁杰峰的房屋和其房屋所占土地。” 因此，主体资格缺失直接导致协议无效。

在第二种情形下，行政机关虽具备行政主体资格，但超越了法定权限范围订立行政协议，也可能导致协议无效。

需要注意的是，主体不适格导致行政协议无效仅针对行政机关一方而言，不针对行政相对人。如果只是相对人一方存在主体资格问题，如代理人没有相关代理权限，不应简单宣告协议无效，而应参照民事法律规范中关于效力待定合同的规定处理。

      内容瑕疵是行政协议无效的核心事由，主要包括违反强制性规定、损害国家利益或社会公共利益、意思表示不真实等情形。与民事合同相比，行政协议的内容合法性审查更为严格，因为行政协议涉及公共利益的实现和行政权力的规范运行。

违反强制性规定是行政协议无效的常见情形。行政协议违反法律、行政法规的强制性规定，可能导致无效。实践中，法院通过“具体价值衡量说”来认定强制性规定是否属于效力性强制性规定。如果规范目的是保护国家利益或社会公共利益，且合同行为将造成实质性损害，则应认定为效力性强制性规定。值得注意的是，地方性法规和规章在行政协议效力认定中的地位存在争议。有学者认为，行政协议涉及公共利益，应将地方性法规乃至规章纳入考虑范围。这一观点在特许经营协议等案件中尤为相关，因为许多特许经营事项由地方性法规或规章规定。

损害国家利益或社会公共利益是行政协议无效的另一重要事由。在石某诉成都市双流区黄龙溪镇政府未按照约定履行拆迁补偿协议案中，被告为保障拆迁进度，满足原告的超标补偿要求，将拆迁补偿项目拆分为四份。法院判决认为，“原、被告双方签订的四份拆迁补偿协议违背了客观真实，虚增了补偿内容和对象，损害了国家利益，根据当时的《中华人民共和国合同法》第五十二条第二项的规定，应认定为无效”。这一案例表明，即使双方意思表示一致，但如果协议内容损害了国家利益或社会公共利益，法院仍可确认其无效。

意思表示不真实包括欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等情形。与民事合同不同，行政协议中行政机关被推定具有公信力，实践中行政机关主张受欺诈、胁迫的情形较为罕见。更为常见的是行政相对人主张受到行政机关的胁迫。此外，行政协议中的“显失公平”不仅关注双方利益是否均衡，还会考虑协议是否有利于公共利益的实现。

      行政协议的程序瑕疵是否导致无效，取决于违法的严重程度。主要程序瑕疵包括未经法定程序、未经批准或授权程序、内部程序缺失等。

对于需要经过招投标、拍卖等法定程序的行政协议，未经相应程序直接签订的，协议可能无效。在特许经营协议案件中，最高人民法院指出，对于依法应当订立行政协议的情形，协议相对人可以请求人民法院判令依法订立行政协议；行政协议未成立或者无效的，当事人提出追究对方违约责任的诉讼请求，人民法院依法不予支持。例如，在淮安红太阳公司诉涟水开发区管委会投资协议案中，涉案《项目合同书》《补充协议》中相关条款的约定和承诺超越行政机关的职权，违反了法律法规强制性规定，相关条款被认定为无效。

未经批准或授权程序也可能影响行政协议效力。根据《行政协议规定》第十三条，法律、行政法规规定应当经过其他机关批准等程序后生效的行政协议，在一审法庭辩论终结前未获得批准的，人民法院应当确认该协议未生效。如果协议约定行政机关负有履行批准程序的义务而行政机关未履行，相对人可以要求其承担赔偿责任。

内部程序缺失是否影响协议效力，取决于该程序的重要性。如果内部程序关乎重要公共利益，缺乏该程序可能导致协议无效；如果仅为轻微程序瑕疵，则不影响协议效力。例如，法律规定行政协议签订需要经过集体讨论等内部民主程序而未经过的，法院会综合考虑该程序的设立目的、违反程序的严重程度等因素，决定是否影响协议效力。

      行政协议部分内容无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。这一部分无效规则源于民事合同的“部分无效不及于全部”原则，但在行政协议中适用时需满足两个条件：一是无效部分与有效部分可分割，即去除无效部分后，剩余内容仍能独立履行；二是剩余部分的履行不损害国家利益或社会公共利益。

部分无效规则在行政协议案件中的适用体现了司法对协议效力的尽可能维持态度。例如，在招商引资协议中，可能仅有个别条款违反法律强制性规定，而其他条款并不违法。在这种情况下，法院可以仅确认违法条款无效，而保持其余条款的效力。这样既维护了法律尊严，又保证了合法交易关系的稳定性。最高人民法院在相关案例中指出，如果行政协议的部分条款违反法律法规强制性规定，不影响其他部分条款效力或者行政协议整体效力的，人民法院可以仅认定部分条款无效。

      《行政协议规定》第十二条第二款确立了效力补正规则：“行政协议无效的原因在一审法庭辩论终结前消除的，人民法院可以确认行政协议有效。” 这一规则体现了“鼓励交易、节约行政成本”的政策导向，适用于可通过补正消除的违法情形。

效力补正规则反映了司法对行政协议效力的务实态度。与传统行政行为不同，行政协议往往涉及复杂的法律关系和大额投资，轻易否定其效力可能导致资源浪费和公共利益受损。因此，在违法情形可以修复的情况下，允许当事人通过补正措施使协议重归有效，有利于平衡依法行政原则与法安定性价值。

      在行政协议案件中，法院可借鉴情况判决制度，即使行政协议违法，但如果确认无效会严重损害公共利益，可不予确认无效，而是责令行政机关采取补救措施。这种灵活处理方式有助于平衡个案公正与公共利益。

情况判决的适用需满足严格条件：一是协议存在违法情形；二是撤销或确认协议无效将给公共利益造成重大损失；三是违法情节尚不足以绝对否定协议效力。在这种情况下，法院可以不确认协议无效，而是判决行政机关采取补救措施，并赔偿相对人损失。

这一裁判方式在涉及重大公共利益的行政协议案件中尤为重要。例如，在涉及基础设施建设、公共服务供给等行政协议中，如果协议已经部分履行，确认无效可能导致公共服务中断，损害公共利益。此时，法院可能更倾向于维持协议效力，同时要求行政机关采取补救措施并赔偿损失。

      行政协议无效后，当事人因协议取得的财产应当返还；不能返还或没有必要返还的，应当折价补偿。这一规则与民事合同无效的处理原则一致，但在行政协议中需注意两点特殊之处：一是行政机关基于公共利益需要已处分财产的，可不予返还，但需按市场价值折价补偿；二是财产返还不影响相对人主张损失赔偿。

根据《行政协议规定》第十五条：“行政协议无效、被撤销或者确定不发生效力后，当事人因行政协议取得的财产，人民法院应当判决予以返还；不能返还的，判决折价补偿。” 这一规定确立了行政协议无效后的返还原则。在具体适用中，法院会考虑财产的性质、价值变化因素、当事人过错程度等，确定返还范围与方式。

需要注意的是，行政协议中的返还义务具有双向性：行政机关应当返还从相对人处取得的财产，相对人也应当返还从行政机关处获得的利益。如果财产不能返还或没有必要返还，则应当折价补偿。例如，在房屋征收补偿协议无效后，如果房屋已经被拆除，客观无法返还，法院通常会判决行政机关按市场价值折价补偿。

      损失赔偿的核心是区分责任主体。根据《行政协议规定》第十五条第二款，因被告的原因导致行政协议被确认无效或者被撤销，可以同时判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，人民法院应当判决被告予以赔偿。这一规定确立了行政协议无效后的赔偿责任原则。

行政机关的责任是指行政机关因主体瑕疵、程序违法、内容违法等导致协议无效的，需赔偿相对人的直接损失。赔偿范围包括为履行协议支出的成本、利息损失等。在实践中，法院倾向于将直接损失理解为实际财产减少，一般不包括预期利益损失，除非当事人能够证明预期利益确实存在且可确定。

相对人责任是指相对人因欺诈、恶意串通等自身过错导致协议无效的，无权主张赔偿，已取得的财产需返还。如果相对人明知协议存在违法情形仍故意订立，或者通过欺诈、胁迫等手段促使协议订立，则应当自行承担相应损失。

混合责任是指双方均有过错的，按过错程度分担责任。在确定混合责任时，法院会综合考虑各方的过错程度、过错与损失的因果关系、损失大小等因素，公平确定责任比例。由于行政机关在行政协议中处于优势地位，且负有确保协议合法的职责，法院往往认定行政机关承担主要责任。

      除财产返还与赔偿外，法院还可责令行政机关采取补救措施。实践中主要包括重新签订协议、补正行政程序、履行法定职责等。补救措施的适用需遵循“可行性”原则，即行政机关具备履行条件且不违反法律规定。

在行政协议案件审理中，法院会根据实际情况判决适当的补救措施。例如，在行政协议因程序违法被确认无效后，如果协议内容本身符合法律规定且有利于公共利益，法院可能判决行政机关在补正程序后重新签订协议。如果协议部分条款无效但不影响整体效力，法院可能判决双方修改无效条款，保留有效部分。

补救措施的适用体现了司法对行政协议纠纷的实质性解决导向。与单纯确认协议无效相比，责令采取补救措施能够更好地平衡公共利益与私人利益，实现纠纷的彻底解决。